Izolovaná marže ohraničuje riziko každé pozice zvlášť: složíte na ni jen určitou částku a víc než tu nemůžete na dané pozici ztratit. Když jde trh proti vám, zlikviduje se pouze tato pozice a zbytek účtu zůstane nedotčený. Je to opak křížové marže, kde slouží jako zajištění celý zůstatek. Izolovaný režim je přehledný a disciplinovaný, protože maximální ztráta je předem známá a nepřelije se do dalších obchodů. Cenou za to je menší odolnost proti výkyvům, protože pozice nemá k dispozici širší polštář. Pro začátečníky i pro testování nápadů je izolovaná marže obvykle rozumnější volba.