Merkle strom je způsob, jak z mnoha transakcí vytvořit jediný souhrnný otisk. Transakce se páruje po dvou, z každé dvojice vznikne nový otisk, a takhle se postupuje až k jedinému kořeni uloženému v hlavičce bloku. Užitečné je to proto, že lze dokázat přítomnost konkrétní transakce v bloku bez stahování celého bloku, stačí několik otisků po cestě ke kořeni. Díky tomu mohou i lehké peněženky v telefonu ověřovat platby, aniž by musely držet kompletní kopii celého řetězce. Stejný princip se používá i při dokládání rezerv burzami.